경상북도 경주 출신이다. 1906년 3월 중추원 의관 정환직(鄭煥直)이 고종의 밀지를 받고 아들 정용기(鄭鏞基)와 함께 영천을 중심으로 거병한 산남의진에 참여했다. 이훈구는 지방 참모로 지명되어 의병 활동을 지원하였다. 병력을 모집하여 의병부대에 합류시켰고 군량미(軍糧米)를 원조했다.

1915년 7월 15일 산남의진의 연습장(練習將)이었던 우재룡(禹在龍)이 박상진(朴尙鎭)·채기중(蔡基中)·김한종(金漢鍾) 등과 함께 대구 달성공원(達城公園)에서 대한광복회(大韓光復會)를 조직했다. 이훈구는 우재룡·권영만을 통해 광복회를 후원하였다.

정부는 2022년에 대통령표창을 추서하였다.

• 산남창의지(山南倡義誌)(1946) 하권 150~151면
• 일월향지(日月鄕誌)(일월향지편찬위원회, 1967) 276면
• 산남의진유사(山南義陣有史)(산남의진유사간행위원회, 1970) 534면
• 한국의병인물사(한국민족정신진흥회, 2007) 670면