김윤종은 경기도 파주 출신이다. 1908년 3월 허위를 총대장으로 하여 결성된 관동창의원수부 우군장 윤인순의 부장으로 참여하였다. 그 후 독자적인 부대를 편성하여 경기도 파주·양주 등지에서 이은찬(李殷贊)·윤인순(尹仁淳)·정용대(鄭用大) 의진과 연계하여 활동하였다.

1908년 1월 13일 13도창의대진소의 서울진공작전이 무산된 뒤 허위를 총대장으로 결성된 연합의병부대가 관동창의원수부였다. 총대장 허위 이하 중군장 이은찬(李殷贊), 우군장 윤인순(尹仁淳), 좌군장 정용대(鄭用大), 선봉장 김교성(金敎盛) 등의 각 대장과 부장으로 편성되었다. 이들은 각기 독자적으로 항일투쟁을 벌였다.

우군장 윤인순의 부장으로 관동창의원수부에 참여한 김윤종은 선봉장을 맡았다. 1908년 6월 총대장 허위가 체포된 뒤, 이은찬과 연기우 등은 북진하여 포천·영평·마전·적성 등지로 이동하였고, 윤인순은 10월 이후 강원도 횡성, 경기도 양주·파주·적성 등지에서 활동하였다.

김윤종은 윤인순의 휘하에서 파주 일원에서 활동하였다. 1908년 음 9월 9일 파주군 파평면에서 의병의 행적을 관원에게 밀고한 일진회원 2명을 살해하였다. 또 음 10월 10일경 의병 10여 명을 이끌고 양주군 백석면 단촌리에서 방곡령을 어긴 마름 우여순(禹汝順)과 경성 지주 김종국(金宗國)의 친척으로 소작미 수확을 감독하기 위해 양주에 머물던 김윤진(金允眞)을 붙들어 들였다. 또 김윤종은 같은 날 백석면 홍동에서 경성 지주 이근배(李根培) 소유의 소작미 감독관도 같은 죄목으로 붙들어 들였다. 이와 같이 김윤종은 윤인순 휘하에서 일진회 회원을 응징하고 추수기를 이용하여 군자금 확보에 노력하였다.

1908년 11월 14일경 김윤종은 부하 20~30명을 이끌고 파주·적성·양주·포천·영평 등지에서 활동하다가 11월 23일 파주에서 체포되었다. 김윤종은 동년 12월 12일 경성지방재판소에서 징역 15년을 받고 옥고를 치렀다.

정부는 고인의 공훈을 기려 2009년에 건국훈장 애국장을 추서하였다.

• 內亂罪로 京城地方裁判所로 송치된 義兵 訊問調書를 올린다는 보고(1908. 12. 3) 暴徒에 關한 編冊
• 判決文(京城地方裁判所：1908. 12. 12)
• 독립운동사자료집(독립운동사편찬위원회) 별집 제1집 47면