1907년 일제는 헤이그에 특사를 파견한 것을 구실삼아 고종을 퇴위시키고 순종을 즉위시켰다. 또한 정미7조약을 강제로 체결하여 한국의 사법권·행정권 등을 장악하고 통감정치를 강화하였으며, 정부 주요 부서에 일본인 차관을 임명하는 등 한국 식민지화 작업에 더욱 박차를 가하였다. 1907년 8월에는 대한제국 군대의 강제 해산으로 군인들이 의병에 참여하면서 항일의병운동이 더욱 거세게 일어났으며 전국적으로 확산되었다.

이기삼은 1908년 음력 7월 경에 이성화의진에 들어가 이후 약 15일간 이성화가 휘하 15여명의 의병을 이끌고 전라북도 정읍·태인·고부 등지에서 활동할 때, 의병의 물자를 운반하는 등의 활동을 하다 체포되었다.

1909년 7월 8일 광주지방재판소(光州地方裁判所)에서 이른바 ‘폭동죄’로 징역 1년을 받고 옥고를 치르던 중, 1910년 8월 대사령(大赦令)으로 풀려났다.

정부는 2017년에 건국훈장 애족장을 추서하였다.

• 판결문(判決文)(광주지방재판소 전주지부：1909. 7. 28)
• 독립운동사자료집(독립운동사편찬위원회, 1974) 별집 제1집 615~616면