전북 고부(古阜) 사람이다. 전해산(全海山) 의진에 가담하여 전남 함평(咸平) 일대에서 활약하였다. 1907년 7월 일제는 「정미7조약(丁未7條約)」을 체결하여 대한제국의 군대를 강제로 해산시키는 등 한국 식민지화를 향한 발걸음에 박차를 가하였다. 이에 분격하여 당시 전국적으로 수많은 의병이 봉기하여 일본군에 본격적인 저항을 하거나 일진회원을 비롯한 친일주구배를 처단하는 등의 활동을 통하여 무너져가는 국권을 회복코자 노력하였다. 이러한 상황에서 구문옥은 1908년 음력 7월 26일 전해산(全海山) 의진에 들어가 활약하였다. 전해산은 1908년 8월 21일 선봉장(先鋒將) 정원집(鄭元執)과 함께 거병하여 전라도 나주(羅州)·영광(靈光) 일대를 중심으로 1909년 3월까지 일제에 대항하여 치열한 항쟁을 전개한 의병장이다. 전해산 의진에서 종군하던 구문옥은 의병활동 자금을 확보하기 위한 비상 수단으로 동지 40여 명과 함께 전남 함평군에 거주하는 친일 군수의 집에서 군자금과 군수품을 모집하다가 붙잡혔다. 그리하여 1910년 3월 14일 광주지방재판소 전주지부에서 징역 5년을 받아 옥고를 치렀다.

정부에서는 고인의 공훈을 기리어 1995년에 건국훈장 애국장을 추서하였다.

• 독립운동사자료집(국가보훈처) 별집 제1집 818면