1909년 10월 부인과 함께 내한(來韓)하여 평양 숭실대학에서 교수하고, 숭덕학교 교장도 겸하였다. 1919년 3월 1일 숭덕학교 교정에서 열린 평양 장로교계 독립선언식에 참여하고 3.1운동의 상황을 미국의 친지들에게 편지로 알렸다.

4월 4일 일본 경찰에 의해 가택 수색을 당하고 마페트(Samuel A. Moffett) 선교사와 함께 구속되었다. 마페트는 다음 날 풀려났지만, 숭실중학교 제자인 길진경(吉鎭京)과 이인선(李仁善), 숭실대학 재학생 이보식(李輔植)과 김태술(金泰述) 등을 집에 숨겨준 혐의로 기소되었다.

4월 19일 평양지방법원에서 징역 6월을 선고받고 그날 보석으로 풀려났다. 그러나 그는 평소와 같이 학생들을 손님으로 대우했을 뿐이며 ‘범인 은닉“ 의도는 없어 무죄라고 주장하며 항소하였다.

5월 17일 평양복심법원에서 징역 4월에 집행유예 2년을 선고받았다. 다시 상고하여 8월 18일 고등법원에서 전 판결을 파기하고 경성복심법원에 이송한다는 판결을 받았다. 10월 29일 경성복심법원에서 벌금 100원을 선고받았다. 이를 다시 상고하였으나 12월 4일 고등법원에서 상고 기각 판결을 받아 형이 확정되었다.

1936년 1월 신사참배 거부로 교장직에서 해임당한 맥큔(George S. McCune, 尹山溫) 선교사의 후임으로 3월 숭실전문학교 교장에 취임하였다. 그러나 그해 7월 1일 미북장로회 한국선교부 연회에서 결의한 ‘교육철수권고안’에 따라, 1938년 3월 숭실전문학교를 폐교하였다. 학교가 폐교된 후에도 평양에 계속 머물며 선교활동을 하다가 1940년 11월 서울주재 미국영사관의 권고를 받아들여 귀환하였다. 1970년 오하이오주 컬럼버스(Columbus)에서 사망했다.

정부는 1950년에 건국훈장 독립장을 수여하였다.

• 판결문(判決文)(고등법원：1919. 12. 4)
• 신한민보(1919. 5. 20, 11. 1)
• 매일신보(每日申報)(1938. 3. 21)
• 동아일보(東亞日報)(1950. 3. 1)
• 경향신문(京鄕新聞)(1950. 3. 16)
• 한국독립운동사자료(국사편찬위원회, 2002) 38권 125~126면
• 독립운동사자료집(독립운동사편찬위원회, 1971) 제4집 432~433면
• 사진출처：“Rev. Eli M. Mowry”, The Daily Free Press(Carbondale, Illnois), 1919. 4. 25(http://newspapers.com/)