1905년 김목여는 원주(原州)를 중심으로 활동했던 원용팔 의진에 참여해 강원도와 충청북도 일대에서 항전하였다. 같은 해 9월 원용팔이 원주를 점령하려 했으나 패배하고 체포되고 말았다. 원용팔을 구출하기 위해 통문을 돌려 의병을 모집하고 원주군으로 가서 탈환하고자 했으나 뜻을 이루지 못했다.

1907년 군대 강제해산과 고종의 강제퇴위가 일어나자 다시 의병에 투신했다. 1908년 7월 박갑주 의진에 합류해 강원도･충청북도･경상북도를 중심으로 의병활동을 했다. 1908년 11월 이후 제천군과 영월군 부근에서 군자금 모집 활동을 했다. 1909년 3월 2일 밤 제천군 자택에서 동지들과 집합하고자 했으나 밀정에 의해 제천경찰서에 정보가 누설되어 잠복하고 있는 일본 순사를 피해 도주했다. 다음 날인 3월 3일 새벽 4시 김상옥(金相玉)이 검거되자 이후 일제의 추적에 의해 체포되었다.

1909년 4월 12일 공주지방재판소에서 ‘강도죄’로 태 80대 처분을 받았다.

정부는 2024년에 대통령표창을 추서하였다.

• 판결문(判決文)(공주지방재판소 : 1909. 4. 12)
• 폭도(暴徒)에 관(關)한 편책(篇冊)
• 의사삼계원공 을사창의유적(박정수) 상권
• 한국독립운동사 자료(국사편찬위원회, 1984) 제13권 548~552면