1912년 '데라우치 마사다케(寺內正毅) 총독(總督) 암살미수 사건'으로 체포되어 옥고를 치렀다. 1919년 3월 중국 길림성(吉林省) 유하현(柳河縣) 삼원포(三源浦)에서 한인공회(韓人共會)를 설립했으며, 1920년 3월 관전현(寬甸縣)에서 광복군총영(光復軍總營)에 입단하여 1922년 8월 군사부장(軍事部長)에 임명되었다.

광복군총영은 서간도 관전현에서 오동진(吳東振) 등이 중심이 되어 결성한 무장독립운동 단체로 군사부장 겸 참모부장 백남준을 비롯하여 경리부장은 이관린(李寬麟), 천마별영장(天馬別營長) 최시흥(崔時興), 벽파별영장(碧波別營長) 김영화(金永和) 등이 중심 인물이었다. 안주(安州)ㆍ신의주(新義州)ㆍ선천(宣川) 등지에서 친일파 숙청 및 일제 기관 공격 등의 활동을 하였다.

1921년 5월 상해(上海)에서 박은식(朴殷植)과 함께 국민대표회기성회(國民代表會期成會) 위원(委員)에 임명되었고, 같은 해 8월 환인현(桓仁縣)에서 개최된 남만한족통일회(南滿韓族統一會)에 참석한 뒤 9월 대한통의부(大韓統義府)의 설립을 위해 노력하였다. 1922년 1월 대한광복군총영(大韓光復軍總營)의 대표로 모스코바에서 개최된 극동민족대회(極東民族大會)에 참석하였고, 1923년 3월 상해에서 개최된 국민대표회의(國民代表會議)에 통의부 대표로 참석하여 서간도(西間島)의 상황과 통의부의 취지 및 목적과 계획 등에 대해 설명하였다. 같은 해 7월 임시정부(臨時政府) 임시헌법(臨時憲法) 개정기초위원회(改定起草委員會) 기초위원(起草委員)으로 임명되었다.

1924년 9월경 대한통의부 민선대표(民選代表)로 전만통일회의(全滿統一會議)에 참석한 뒤 11월 길림성 화전현에서 정의부(正義府)를 설립하였다. 1926년에는 정의부 검판부(檢判部) 검판장(檢判長)으로, 1927년 7월에는 임시의정원(臨時議政院) 의원(議員)으로 활동하였다.

정의부는 1924년 11월 24일 길림성 화전에서 성립된 독립운동단체로 참의부(參議部)ㆍ신민부(新民府)와 함께 3부로 통칭되었다. 길림주민회(吉林住民會)ㆍ의성단(義成團)ㆍ광정단(匡正團)ㆍ노동친목회ㆍ고본계(固本契)ㆍ대한독립군단ㆍ학우회 등이 연합하여 결성되었으며, 중앙집행위원장 이탁(李鐸), 총무위원장 김이대(金履大), 군사위원장 겸 사령장(司令長) 지청천(池靑天), 재무위원장 오동진(吳東振), 민사위원장 김호(金虎), 법무위원장 이진산(李震山), 외무감 현익철(玄益哲), 총무감 최명수(崔明洙), 참모장 김동삼(金東三), 사령부관 정이형(鄭伊衡) 등이 중심 인물이었다. 흥경현(興京縣)에 흥화중학(興和中學), 유하현(柳河縣)에 동명중학(東明中學)를 설치하고, 화전현(樺甸縣)의 화성의숙(華成義塾) 등을 통해 독립군 주력을 양성하였다. 한인 농민들의 생활안정과 독립의식 고취를 위해 노력하였으며, 만주와 국내의 국경지대를 중심으로 활발한 항일무장투쟁을 전개하였다. 1929년 4월 그 중심 인물들이 국민부(國民府)로 조직을 확대ㆍ개편하였다.

이후 백남준은 1932년경 길림영사관(吉林領事館) 경찰에 체포되어 신의주경찰서로 압송되었으며, 1933년 2월 신의주지방법원에서 이른바 치안유지법(治安維持法) 위반으로 징역 5년을 받고 옥고를 치렀다.

정부는 고인의 공훈을 기려 2014년에 건국훈장 독립장을 추서하였다.

• 상해국민대표회의 의사 상황에 관한 건(1923. 5. 18)(독립기념관 소장)
• 朝鮮民族運動年鑑(上海日本總領事館, 1932) 179면
• 參議府 正義府에 관하여(4)(1923)(독립기념관 소장)
• 大韓統義府 統一會議 決議事項(1924. 1. 21) 不逞團關係雜件-朝鮮人의 部-在滿洲의 部(37)
• 在外 要注意 鮮人 別名 變名雅號 調査(1924. 6. 17), 大韓統義府 行政委員 非常會議
• 開催(1924. 7. 8) 不逞團關係雜件-朝鮮人의 部-在滿洲의 部(39)
• 南滿代議員會 및 將校會議決議事項(1924. 9. 22), 統義府 現狀 및 寬甸地方 不逞鮮人 名簿에 관한 건(1925. 1. 12) 不逞團關係雜件-朝鮮人의 部-在滿洲의 部(40)
• 불령선인들이 개최한 全滿統一會 선언서 기타에 관한 件(1924. 12. 30)(독립기념관 소장)
• 鮮匪團 正義府의 동정에 관한 건(1925. 9. 4) 不逞團關係雜件-朝鮮人의 部-在滿洲의 部(41)
• 高等警察要史(慶尙北道警察部, 1934) 118면
• 독립운동사자료집(독립운동사편찬위원회, 1978) 제14집 913면
• 思想月報(朝鮮總督府 檢査局, 1933. 3) 제2권 제11호 8면
• 國外容疑朝鮮人名簿(朝鮮總督府 警務局, 1934) 240면
• 騎驢隨筆(宋相燾, 1971) 315~316면
• 判決文(京城地方法院 : 1912. 9. 28)
• 判決文(京城覆審法院 : 1913. 3. 20)
• 獨立新聞(1921. 8. 15, 1922. 5. 6, 1923. 2. 7, 3. 1)
• 東亞日報(1923. 6. 25, 1932. 12. 12, 1933. 2. 14, 1933. 3. 16)
• 朝鮮日報(1932. 5. 17)
• 新韓民報(1923. 3. 15, 1933. 1. 12)
• 每日申報(1913. 3. 21)
• 朝鮮獨立運動(金正明 編, 1967) 제1권 298면
• 韓國獨立運動史(文一民, 1956) 399면
• 興京縣地方 不逞鮮人 狀況에 관한 건(1920. 5. 28) 不逞團關係雜件-朝鮮人의 部-在滿洲의 部(18)
• 不逞鮮人의 行動 및 共産黨員 連絡에 관한 件 1(1922. 3. 20) 不逞團關係雜件-朝鮮人의 部-鮮人과 過激派(2)
• 僭稱 上海臨時政府 借款 및 莫斯科 會議에 관한 건(1922. 5. 1) 不逞團關係雜件-朝鮮人의 部-鮮人과 過激派(3)
• 光復軍總營 第1回 總會 會議錄(1922. 10. 26) 不逞團關係雜件-朝鮮人의 部-在滿洲의 部(34)
• 大韓統義府 中韓互助社 韓民自治運動 等에 관한 건(1923. 3. 17) 不逞團關係雜件-朝鮮人의 部-上海假政府(4)
• 韓國民族運動史料(中國篇)(國會圖書館, 1976) 354, 296, 303, 309면