함경남도 고원(高原) 사람이다. 1919년 3월 1일의 원산(元山) 장날을 이용하여, 이가순(李可順)·이순영(李順榮)·차광은(車廣恩)·차용운(車用運)·함하은(咸河殷)·이진구(李鎭九) 등과 독립만세운동을 계획하고 진행을 주도하였다. 이곳의 독립만세운동은 민족대표 33인 중의 한 사람으로 서울의 오화영(吳華英)·신석구(申錫九)·이승훈(李昇薰)·박희도(朴熙道)와 연락하고 있던 남촌동(南村洞) 남감리교회 목사 정춘수(鄭春洙)에 의하여 시작되었다. 정춘수는 자신이 민족대표로 서명한 후 귀향하여 거사일을 기다리고 있었는데, 2월 23일 서울로부터 3월 1일 거사한다는 연락을 받고, 더 자세한 상황을 알기 위하여 27일에 곽명리(郭明理)를 서울로 보냈다. 28일 늦게 오화영으로부터 서울의 독립선언서 3백여 매를 전해 받은 곽명리가 귀향하였고, 이어 서울로 파견된 차준승에게도 고무적인 전보가 왔다. 이에 김기헌은 이날 밤 정춘수·이가순·이순영·차광은·차용운·이진구·김장석(金章錫)·김계술(金啓述)·정연수(鄭延壽)·인이극(印利極)·함태영(咸泰榮) 등 14명과 진성여학교(進誠女學校)에서 만나 의논한 끝에, 서울에서와 같이 3월 1일에 독립만세시위를 전개하기로 결정하고 밤을 새워가며 태극기를 제작하였다. 3월 1일 오후 2시 그는 각 교회의 종소리를 신호로 13명의 주동자들과 함께, 시내 요소 요소에서 독립선언서를 낭독하고 독립만세를 외치면서 장촌동(場村洞) 장터로 행진하였다. 다시 이곳에서 8백여 명의 시위군중과 함께 일본인 집단 거주지를 지나서 원산경찰서로 행진하였다. 이때 일본 경찰·헌병·소방대가 출동하여 물감을 탄 물을 소방용 호스로 뿌리며 해산시키려 하였다. 그러나 시위군중이 이에 굴하지 않고 계속 만세운동을 전개하자, 이번에는 공포를 쏘아서 오후 6시경 강제 해산하였다. 그 후 일본 경찰은 옷에 물감이 묻은 사람을 집중적으로 체포하였는데, 김기헌도 이때 붙잡혀, 이해 7월 3일 고등법원에서 소위 보안법 및 출판법 위반으로 징역 1년을 받고 옥고를 치렀다.

출옥 후 그는 1932년 일본 대판(大阪)으로 건너가 그곳에서 동포들의 권익 옹호를 위한 조선인차가동맹(朝鮮人借家同盟)을 조직하여 활동하다가 다시 붙잡혔다. 이로 인해 징역 8월을 받고 옥고를 치렀다.

정부는 고인의 공훈을 기리어 2002년에 건국훈장 애족장을 추서하였다.

• 獨立運動史資料集(國家報勳處) 第5輯 981∼983面
• 3·1운동(민족문화협회) 137面
• 身分帳指紋原紙(警察廳)
• 判決文(高等法院, 1919. 7. 3)
• 3·1運動秘史(李炳憲) 990面
• 判決文(京城覆審法院, 1919. 5. 26)