일제는 1907년 고종을 강제로 퇴위시키고 정미7조약을 강제로 체결하였다. 8월에는 대한제국 군대를 강제로 해산시켰다. 이에 의병운동이 전국적으로 확산되었다.

박문수는 1907년 100여 명의 의병을 이끌며 경상도·전라도에서 의병활동을 하였다. 그는 박기양·최경연(崔敬淵)과 함께 1907년 12월 20일 밤 경상남도 거창군(居昌郡) 적화면(赤火面) 대학동(大鶴洞) 박경필(朴慶弼)의 집에서 군자금을 모집하는 등의 활동을 하였다. 박문수의 형인 중대장 박기양(朴基陽)이 1908년 3월 3일 총살당한 이후에도 의병 중대장으로서 경상도·전라도에서 100여 명의 의병을 이끌고 의병활동을 계속했다. 1909년 11월 18일 체포되었다.

1909년 12월 27일 대구지방재판소(大邱地方裁判所)에서 이른바 ‘강도죄’로 징역 5년을 받았다. 1912년 11월 16일 칙령(勅令) 제23호에 의해 징역 3년 4월로 감형되었다.

정부는 2017년에 건국훈장 애족장을 추서하였다.

• 판결문(判決文)(대구지방재판소：1909. 12. 27)
• 형사사건부(刑事事件簿)
• 형사공소사건부(刑事控訴事件簿)
• 대한매일신보(大韓每日申報)(1909. 11. 24)
• 독립신문(獨立新聞)(1920. 5. 22)
• 폭도내습(暴徒來襲) 및 체포(逮捕)의 건(1909. 11. 22) 폭도(暴徒)에 관한 편책(編冊)