충북 단양(丹陽) 사람이다.

이강년(李康秊) 의진의 소모장(召募將)으로 경북, 강원도 일대에서 활동하였다.

남필원은 러일전쟁 직후 일제의 강요와 위협 아래 1905년 11월 「을사륵약(乙巳勒約)」이 체결되어 주권이 박탈되고, 그 이듬해 통감부(統監府)가 설치되자 이제 우리나라는 일제의 식민지나 다름없다고 보고 국권회복을 위한 의병봉기를 모색하고 있었다. 그러던 중 일제는 헤이그 특사사건을 빌미로 1907년 7월 광무황제를 강제 퇴위시키고, 「정미7조약(丁未7條約)」을 강제로 체결하더니 이어서 우리의 군대를 해산시켰다. 이에 해산 군인들이 대거 의병대열에 참여함으로써 의병운동은 대중화단계에 돌입하였다.

이 시기 남필원도 국권회복을 위한 의병전쟁에 참여하기 위하여 이강년 의진에 투신하였다. 을미의병을 일으켜 문경에서 안동부 관찰사를 처단하면서 의병운동에 참가하였던 이강년 의병장은 「정미7조약」에 격분하여 다시 봉기하였다. 이강년 의진은 김상태(金尙台)를 비롯한 백남규(白南奎)·변학기(邊鶴基)·성익현(成益鉉)·김운선(金雲仙) 등 유능한 해산군인과 합류하여 대부대로 성장하였다. 그 후 이강년 의진은 북으로 강원도 낭천(狼川；화천)·인제(麟蹄)에서 남으로는 경상도 안동(安東)·영양(英陽)에 이르기까지 주로 태백산맥을 동서남북으로 오르내리고 넘나들며 뛰어난 활약상을 보였다.

남필원은 이같은 이강년 의진의 소모장으로 경북, 강원도 일대에서 활동하였고, 1907년 10월 이강년 의병진은 강원도 지역의 일본군을 소탕하기로 계획하였다. 이 때 그는 자신의 부대와 이강년 부대, 그리고 도총(都摠) 이중희(李中熙) 부대 등이 연합하여 영월·평창·정선의 적을 소탕하는 것이 좋겠다고 건의하였다. 이에 이강년은 이를 허락하였고, 그와 이강년 의진은 연합으로 강원도 일대의 일본군과 여러 차례에 걸쳐 교전하는 등 항일 무장투쟁을 벌였다.

정부에서는 고인의 공훈을 기리어 1995년에 건국훈장 애족장을 추서하였다.

• 독립운동사자료집(국가보훈처) 제1집 238·249면