1884년 12월 초 갑신정변으로 부상을 당한 민영익(閔泳翊)을 치료하여 고종에게 신임을 얻었다. 1895년 1월 조선정부에 병원 설립을 신청하여 4월 광혜원(廣惠院, 곧 바로 제중원으로 개칭)을 설립하고 서구 근대식 의학교육도 병행하였다.

1886년 6월 조선정부로부터 당상계통정대부(堂上階通政大夫)에 올랐으며, 1887년 11월 주미한국공사관 참찬관에 임명되어 미국 워싱턴 한국공사관에서 시무하였다. 1889년 6월 한국공사관을 사임했다. 이후 제물포에서 의료활동을 하다가 1890년 7월 주한미국공사관 서기관에 임명되었다. 1890년 11월 부총영사로 승진하고, 미국 공사의 휴가 중에는 수차례 임시대리공사직을 수행하였다.

1896년 10월 8일 명성황후 시해사건이 일어나자 다른 구미 외교관들과 함께 미우라 고로(三浦梧樓) 일본공사를 찾아가 강력히 해명을 요구하였다. 1897년 7월 주한미국공사 겸 총영사에 임명되었다.

1903년 9월 미국에 건너가 당시 미국대통령 루즈벨트를 면담하고 미국이 일본을 격려하는 것은 일본을 러시아와 전쟁하도록 선동하는 것이며, 그 전쟁에서 일본이 만일 승리하게 되면 러시아보다 미국에 더 많은 해를 가져올지 모른다고 충고하였다.

미국 정부와의 불화로 1905년 3월 주한미국공사직에서 해임되었다. 9월 미국에 돌아가 오하이오주 톨레도에 정착하여 의료사업과 집필활동을 하여 1908년 뉴욕에서 『한국정세Things Korean』를 출판하였다. 1932년 12월 11일 톨레도에서 별세하였다.

정부는 1950년에 건국훈장 독립장을 추서하였다.

• 동아일보(東亞日報)(1950. 3. 1)
• 경향신문(京鄕新聞)(1950. 3. 16)
• 닥터 알렌 주한(駐韓) 미국공사(美國公使)에 임명되었다는 워싱턴으로부터의 내전(來電)(1897. 7. 17) (주한일본공사관기록, 국사편찬위원회, 1995) 제12권 242면
• 고종시대사(高宗時代史)(국사편찬위원회, 1968) 제2권 720면
• 알렌의 선교와 근대한미외교(민경배, 연세대학교출판부, 1991) 395~427면
• 사진：독립기념관 제공